La CCI Bourgogne Franche-Comté est un établissement public de l'Etat, administré par des dirigeants d'entreprise élus. Leur connaissance du monde de l'entreprise garantit efficacité et cohérence avec l'environnement économique du territoire.
La Chambre de Commerce et d’Industrie Bourgogne Franche-Comté est dirigée par des chefs d'entreprise élus tous les 5 ans par leurs pairs.
L'assemblée générale de la CCI Bourgogne Franche-Comté est composée de 55 membres titulaires élus. Ils disposent d'une voix délibérative au sein de l'Assemblée générale et sont appelés à siéger dans les autres instances de la CCI de région Bourgogne Franche-Comté. Ils peuvent par ailleurs être mandatés pour représenter la CCI dans toutes les instances et entités extérieures auxquelles elle participe.
A la tête de la CCI BFC, Thierry Buatois, son président, représente et engage juridiquement la CCI BFC et est chargé de l’exécution du budget. 12 élus l’entourent et constituent le bureau régional, instance de débat et de conseil autour du Président.
Des commissions thématiques préparent les travaux de l’Assemblée Générale et éventuellement du Bureau mais leur rôle est strictement consultatif.